垂直流超净工作台和水平流超净工作台有不同的效果。超净工作台根据气流的方向分为垂直流超净工作台和水平流超净工作台，垂直流工作台风机在顶部，噪音较大，风垂直吹多用在医药工程，垂直流风保证人的身体健康；水平流工作台噪音较小，风向往外，多用在电子行业。
1、水平层流超净工作台：是一种通用性较强的局部洁净工作台，它广泛用于电子、国防、精密仪器、仪表、制药行业等。
2、垂直层流超净工作台：垂直单向流超净工作台广泛应用于需要局部洁净的区域。实验室、生物制药、光电产业、微电子、硬盘制造等领域。
水平送风与垂直送风工作台都能满足实验需要，所要考虑的就是气流流型（根据实验看哪种送风形式对实验影响最小）。
一般都是用垂直的；垂直送风的也就是垂直向下吹，垂直流形，准闭合式台面，可有效防止外部合流透入及操作异味对人体的刺激。如果在工作台里放显微镜,那垂直送风的气流会被显微镜阻挡，这种情况就要选择水平风；但一般的实验都用垂直的，玻璃门一般都是上下移动的。
总的来说，水平与垂直送风不存在明显的优劣之分，根据实验要求选择合适的类型。
超净台使用寿命的长短与空气的洁净 度有 。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由 大气中含有 量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。
任何情 下不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
无菌室应定期用70%酒精或0.5%苯酚喷雾降尘和消毒，用2%新洁尔灭抹拭台面和用具（70%酒精也可），用福尔马林（40%甲醛）加少量高锰酸钾定期密闭熏蒸，配合紫外线灭菌灯（每次开启15分钟以上）等等消毒灭菌手段，以使无菌室经常保持 度的无菌状 。
接种箱内部也应装有紫外线灯，使用前开灯15分钟以上照射灭菌，但凡是照射不到之处仍是有菌的。
在紫外线灯开启时间较长时，可激发空气中的氧分子缔合成臭氧分子，这种气 分有很强的杀菌作用，可以对紫外线没有直接照到的角落产生灭菌效果。由于臭氧有碍健康，在进入操作之前应先 掉紫外线灯， 后十多分钟即可入内。
在超净工作台上亦可吊装紫外线灯，但应装在照明灯罩之外，并错开照明灯的排列，这样在工作时不妨碍照明。若将紫外线灯装入照明灯罩（玻璃板）里面，这是毫无用处的， 为紫外线不能穿透玻璃，它的灯管是石英玻璃，而不是硅酸盐玻璃 的。
接种室内力求简洁，凡与本室工作无直接关系的物品一律不能放入，以保持无菌状 。接种室内的空气与外界空气应绝对隔绝，预留的通气孔道应尽量密闭。
通气孔道可设上下气窗，气窗面积宜稍大，需覆上4层纱布作简单滤尘。在一天工作之后，可开窗充分换气，然后再予以密闭。
总之，既 清洁无尘无菌，又 空气新鲜，适宜工作。覆在通气窗上的纱布应经常换洗。但是上述种种措施只是理想的设计方案，往往不易全面做到，其实只 严格无菌操作手续，在门窗敞开的室内，有一超净台的保护 ，接种的污染率仍可控 在生产上可以容忍的水准。
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